Ketika peristiwa G30S/PKI meletus pada 1965, Zairoel sedang berada dalam perjalanan menuju Beijing bersama sejumlah perwira TNI lainnya.
Transit di Hong Kong, rombongan tersebut mendapat kabar mengenai tragedi kelam itu dan adanya peringatan bahwa salah satu dari mereka dicurigai terafiliasi dengan PKI. Perjalanan ke Beijing pun dibatalkan, dan mereka kembali ke Jakarta untuk menghindari risiko.
Pada 1966, Brigjen Zairoel Zen ditugaskan di Lembaga Pertahanan Nasional (Lemhanas), tempat ia menjabat sebagai salah satu direktur hingga pensiun dengan pangkat jenderal bintang satu.
Zairoel wafat pada 24 Maret 1980 di Jakarta pada usia 59 tahun. Jasadnya dimakamkan secara militer di Taman Makam Pahlawan Kalibata, sebagai penghormatan atas dedikasi dan pengabdiannya kepada bangsa dan negara.
